南通大学的医学教育始于1912年3月由清末状元、近代著名实业家、教育家张謇先生创办的私立南通医学专门乐天体育，是中国人自己创办的最早的医学高等乐天体育之一。在一百多年的办学过程中，南通大学医学教育秉承张謇先生亲笔所提“祈通中西，以宏慈善”的校训精神，“学必期于用，用必适于地”的办学理念，“道德优美，学术纯粹”的价值追求，培养出一大批基础扎实、实践能力强、勤奋实干又富有创新精神的医务工作者，也涌现出包括中国工程院院士顾晓松，中国科学院院士段树民、陈义汉、樊嘉等为代表的一批杰出校友，为国家的医疗卫生事业做出了积极贡献，受到社会的充分肯定和广泛赞誉。

2020年11月，为主动适应生命健康全周期医学发展和“新医科”教育新模式的转变，提升医学协同创新能力和社会服务能力，乐天体育组建乐天体育，统筹、协调乐天体育医学教育发展，强化校内、校外资源共享，共建校内、外合作发展平台，构建医学学术和教育共同体。

学部现有临床医学、神经科学与行为学、药理学与毒理学、生物学与生物化学学科、分子生物与遗传学等5个学科进入ESI学科全球排名前1%，其中临床医学、药理学与毒理学学科排名进入全球前3‰。基础医学、临床医学、特种医学、公共卫生与预防医学、生物学为一级学科博士学位授权点，临床医学为博士专业学位授权点，其中基础医学、临床医学为博士后流动站。临床医学、基础医学、公共卫生与预防医学、药学、特种医学、生物学为一级学科硕士点。临床医学专业为国家级一流本科专业建设点、特色专业，江苏省A类品牌专业，江苏省高校课程思政建设示范专业；护理学专业为国家级一流本科专业建设点；医学影像学专业为江苏省特色专业；预防医学专业为国家高校一流本科专业建设点、国家特色专业建设点、江苏省特色专业、江苏省高校一流本科专业建设点、江苏省品牌专业建设点。医学检验技术专业为国家一流本科专业建设点。

学部拥有中国工程院院士、国家杰出青年基金获得者、“国家百千万人才”、教育部“新世纪优秀人才”、江苏省特聘教授、江苏省高校教学名师、江苏省“双创”人才、享受政府特殊津贴专家等在内的一批高层次人才。

学部拥有教育部、交通运输部、国家药监局重点实验室（神经再生重点实验室），拥有国家级和江苏省实验教学示范中心、国家级虚拟仿真实验教学中心、江苏省炎症与分子药靶重点实验室、省部共建公共卫生实验中心、省级公共服务平台等一大批优质教学研究平台。直属附属乐天体育在近三年国家卫生健康委公布的全国三级公立乐天体育绩效考核结果中，连续获得A+、连续跻身全国百强，现有国家临床重点专业建设项目3个，首批通过国家卫计委干细胞临床研究机构认证，是国家高级卒中中心、中国胸痛中心、心衰中心、房颤中心。